医学微生物学实验室建于2000年，由消毒灭菌室、准备室和标准化学生实验室三部分构成，占地面积141平方。主要承担临床医学、医学检验、医学影像、护理学、药学、药物制剂专业的医学微生物学、临床微生物学检验等课程的实验教学。实验室可容纳30位学生同时开课，配置有多媒体教学设备和30台NIKON E100双目显微镜特，教室后排还有医用冷藏箱、恒温培养箱、超净工作台、高压蒸汽灭菌器、干热灭菌器、水浴箱、恒温摇床、高速离心机等设备满足教学科研需要。

医学微生物学是一门实践性、技能性很强的专业基础课，通过实践操作，使学生加深对理论知识的理解和印证，树立消毒、灭菌及无菌观念；熟练掌握显微镜使用技术、标本片制备和染色技术、接种和培养技术、无菌操作技术等微生物学的基本技能，也可开展临床微生物理化检验、血清学检验等实验项目。

微生物实验室作为大学生的开放实验室使用。近5年来实验室参与药学系毕业论文指导工作有30多人项，其中毕业论文研究性题目均在实验室完成，主要内容为中草药抗菌作用研究；此外实验室为大学生创新项目提供平台，先后顺利完成10余项大创项目，包括2项国家大学生创新项目和2项省级大学生创新项目研究，内容主要集中在抗生素和中药联合对致病菌的抑菌作用，中药联合对耐药菌的耐药消除作用，环境微生物的检测等课题。

微生物学实验室还承担学科竞赛、专利研发等实验活动。近5年来师生先后发表专利10项，其中发明1项。2021年由实验室老师指导学生参与第七届全国青年科普创新实验暨作品大赛“生物环境”组比赛，获得河南赛区复赛一等奖、二等奖、三等奖和优秀奖各一项，全国总决赛二等奖1项。